Уникальность заповедника «Денежкин Камень» определяется по нескольким параметрам: его пограничным расположением между Азией и Европой и эталонными участками северной тайги. Кроме того, находясь на восточном слоне главного Уральского хребта, территория его лежит в области пересечения ареалов некоторых видов животных (соболь и куница, северный олень и косуля) и топов экосистем. На его территории представлен крупный лесной массив первобытной горной тайги, являющейся резерватом для многих редких и эндемичных видов растений и ценных представителей горно-таежной фауны.
Среди представителей фауны встречаются такие редкие виды как лебедь-кликун, седой дятел, коростель, белая и тундряная куропатка, филин, ястребиная сова и др.
Среди флоры заповедника можно встретить лилию волосистую, башмачок крапчатый, мак югорский и другие виды редких растений.